故事发生在东京八丈岛近海，这里建成了一个海洋设施“太平洋浮标”，连接着世界各地警方的监控摄像头。在该设施正式启动之前，来自世界各地的IT工程师来到现场，以便与欧洲刑警组织管辖的范围联网。与此同时，一项使用人脸识别系统的“新技术”测试也在进行中。。。另一方面，柯南和青年侦探团在花园里招待他们，来到八丈岛欣赏鲸鱼。此时，柯南接到来自冲矢昂（赤井秀一）的电话，被告知欧洲刑警组织的成员在德国遭到琴酒的杀害。为了调查真相，柯南偷偷进入黑田兵卫等警察部门工作人员乘坐的警备艇，前往太平洋浮标进行警备工作，进入设施内部。之后，在稳步开展系统启动准备工作的设施中，发生了一起案件——一个女性项目被黑衣组织绑架，她手中的USB闪存驱动器也落入了黑衣组织手中。海中传来令人毛骨悚然的螺旋桨声。这时，在八丈岛的灰原哀身边，也有黑影在悄悄地走近...