在小学期间，游泳部的四名成员在毕业前的游泳比赛中获得冠军，之后他们毕业，出国，四人分道扬镳。随着时间的推移，在岩鸢高中学习的七濑遥（岛崎信长配音）和他的好朋友橙真琴（铃木达央配音）上升到了高中二年级。他们再次见到了叶月渚（代永翼配音），这是前游泳部成员之一。三人回忆起小学时光，约定到曾经的游泳馆去。他们居然在废弃的游泳池里遇到了回国的松冈凛(宫野真守配音)。出乎意料的是，前战友们的气质发生了很大的变化，也对遥遥发起了挑战，结果远远输给了他。远、真琴、渚决定成立游泳部。经过多次努力，他们终于招募了新成员龙崎怜(平川大学辅助配音)。他们以县级大赛冠军为目标，进行了紧张的训练。另外，凛所在的鲨柄学院游泳部也在为比赛做准备。他们约定，要在赛场上决一高下。今年夏天，充满激情和活力的游泳部开始了友谊和青春的Free！故事。